Genomiks Birimi

Hedefler

Genomiks Birimi, kanser ve bulaşıcı hastalıkların teşhis ve tedavisini geliştirmek için gen mutasyonlarının tanımlanmasına odaklanarak Ar-Ge için genomik analizler konusunda uzmanlaşmıştır.

Genomiks Birimi, klinik deneyler için akredite genomik testler sağlamakta ve araştırmacılara, hem hastalık gözetim uzmanlarının hem de genomik verilerle uğraşan modelleyicilerin karşılaştığı güncel zorlukları ve çözümleri inceleme imkanı sunmaktadır.

Sahadaki uygulama ve etki alanları

Kanser bağlamında, kanser hücreleri selektif büyüme ve hayatta kalma konusunda normal hücrelere göre avantajlara sahiptir ve genomik alterasyonlar bu avantajların temelini oluşturmaktadır. En yaygın insan kanseri türlerinin genomik manzaraları, özellikle 2000’li yılların ortalarında ikinci nesil olarak da bilinen yeni nesil dizileme (YND) teknolojilerinin ortaya çıkmasıyla birlikte, son on yılda ortaya çıkarılmıştır. Bu keşifler tümörlerin erken teşhisi, prognozu ve tedavisine yardımcı olmuştur.

Genomiks Birimi, kanser araştırmaları alanında yeni biyobelirteçleri tanımlamak için gelişmiş hesaplamalı biyoloji çalışmalarına ihtiyaç duyacaktır. Bu girişimler, genomik temelli kanser teranostiği ile nelerin başarıldığının yanı sıra bu alandaki potansiyellerin de sınırlamaların da daha iyi anlaşılmasına katkıda bulunmaktadır.

Ayrıca, bulaşıcı hastalıklar bağlamında, genomik teknolojiler patojenlerin nasıl işlediğini, geliştiğini ve etkileşime girdiğini anlamada muazzam kazanımlar sağlamıştır. Dizileme yöntemleri son on yılda hız ve kapasite yönünden geliştiğinden ve maliyeti azaldığından, patojen çeşitlendirmesi artık büyük bir hassasiyet ve çözünürlükle ölçülebilmektedir. 

Bununla birlikte, bulaşıcı hastalık salgınlarının ortaya çıkışını ve boyutunu öngören model sistemlerinin kullanımı, kısmen Covid 19 salgını ve aynı zamanda izleme, koordinasyon ve kaynak dağıtımını bilgilendirmek için ortaya çıkan salgınlarda hızlı tahminlere olanak tanıyan modelleme gelişmeleri nedeniyle artmıştır. Bununla birlikte, genomik çalışmaların çoğu geçmişe dönük olarak yapılmıştır. Seçilim sürecinde patojen çeşitlendirmesine ve evrimine dair yüksek çözünürlüklü perspektifler sunsalar da, bunlar genellikle tedavilerin geliştirilmesiyle uyumlu değildir. Bu kaçırılmış bir fırsattır çünkü patojen çeşitlendirmesi en ciddi bulaşıcı halk sağlığı sorunlarının merkezinde yer almaktadır ve tedaviler virülans mekanizmalarını ve patojen çeşitlendirmesini dikkate almalıdır. Dolayısıyla bu tesis, gelecekte daha doğru tahminlerle daha iyi öngörüde bulunmak için genomik verilerden yararlanma konusunda araştırmacılara değerli bir fırsat sunmaktadır.

Next Generation Sequencer: Illumina - NextSeq2000
Oligosynthesizer: OligoMaker - 19216
Real-Time PCR: Qiagen - QIAquant 96
Digital PCR: Bio-Rad – QX ONE
  • Areas of impact and applications in the field

    Regarding cancer research, synthetic biology seeks to re-design biological systems to perform novel functions in a predictable way. Recent advances in bacterial and mammalian cell engineering include the development of cells that function in biological samples or within the body as minimally invasive diagnostics or theranostics for the real-time regulation of complex pathological conditions. Ex-vivo and in-vivo cell-based biosensors and therapeutics have been developed to target a wide range of diseases including cancer.

    A major milestone in the field of theranostic cell engineering was the 2017 FDA approval of tisagenlecleucel, the first gene therapy to be approved in the USA. Considering the above, this facility will work on preclinical applications of mammalian sensing and drug delivery platforms as well as underlying biological designs that could lead to new classes of cell diagnostics and therapeutics.

    In the context of infectious diseases, there is a growing need for novel, specific, sensitive, and effective diagnostic and treatment procedures. Synthetic systems and devices are evolving into strong tools for treating human infections. The advancement of synthetic biology provides platforms for detecting and preventing infectious diseases that are efficient, accurate, and cost-effective.

Hizmetler

  • Synthesis of oligonucleotides
  • Targeted panel sequencing (Multicancer panel, Myeloid neoplasms, BRCA test, NTRK Fusion)
  • List of Equipments

    Equipment name
    Make
    Model
    Photo
    Equipment name:
    Next Generation Sequencing
    Make:
    Illumina
    Model:
    NextSeq 2000
    Equipment name:
    Oligosynthesizer
    Make:
    OligoMaker
    Model:
    19216
    Equipment name:
    Liquid Handling System
    Make:
    Eppendorf
    Model:
    epMotion 5075te
    Equipment name:
    DNA Concentrator
    Make:
    Martin Christ
    Model:
    RVC 2-33IR

    Ekip

    Prof. Dr. Işınsu Kuzu
    Ankara Üniversitesi
    Birim Lideri
    research, development, R&D, genomics, gene, diagnosis, treatment, cancer, laboratory, healthcare, theranostics products, healthcare industry, innovation, health, diagnosis
    AnkaTheraHub, kanser ve bulaşıcı hastalıklar alanında yüksek katma değerli ve yüksek teknolojili yenilikçi teranostik ürünler üretmeleri amacıyla KOBİ'lere odaklanarak Türkiye'deki sağlık sektörünün Ar-Ge kapasitesini desteklemeye kendini adamıştır.